Megjegyzendő, hogy a Belügyminisztériumhoz tartozó polgári hírszerzéstől függetlenül működött a katonai hírszerzés. Bár ebben is szerepet kaphattak kutatóintézeti és egyetemi alkalmazottak, érdemi információval erről nem rendelkezünk, mert az ezzel kapcsolatos iratok nem kutathatók, nem kerültek az ÁBTL-be.

A hírszerzés irányába történt eltolódás jól érzékelhető Hoffmann Tibor, a fizikai tudomány doktora példáján, aki kutatóintézetekben töltött évek után 1965-től az Országos Műszaki Fejlesztési Bizottság osztályvezetője volt. 1950-ben „Balázs” fedőnévvel hazafias alapon szervezték be a tudományos elhárítás részére. Az 1956 előtti tevékenységét tartalmazó dossziék megsemmisültek, de más dossziékban maradt fenn néhány, az ötvenes évek első felében írt jelentése. 1955-ben átkerült a tudományos hírszerzés vonalára, és külföldi kapcsolatait kihasználva 1978-ig foglalkoztatták. Ekkor beszűkült lehetőségei miatt visszaminősítették társadalmi kapcsolattá.

Ez is mutatja, hogy a hírszerző munkára jó nyugati kapcsolatokkal rendelkező kutatókat igyekeztek beszervezni. Az ÁBTL-ben található, valamint a nyilvánosan elérhető életrajzi adatok összevetése alapján erősen valószínűsíthető, hogy Náray Zsolt, a KFKI későbbi főosztályvezetője ‒ utóbb az SZKI igazgatója ‒ volt az, aki a hatvanas években „Balatoni” fedőnéven évekig jelentett a KFKI-val kapcsolatos eseményekről. Egyéves zürichi tanulmányútja közben, 1958 karácsonyán történt hazalátogatásakor hálózták be, noha korábbi jelentésekben úgy szerepelt, mint akit külföldre távozott unokatestvére ellenséges tevékenységre szervezett be, vagyis ő is zsarolható volt. A Svájcban élő magyar emigránsok tevékenységéről kértek jelentéseket tőle. Később egyrészt a KFKI-ról, elsősorban az Elektronikus Főosztályon folyó munkákról, a felmerült problémákról, hiányosságokról kellett tájékoztatást adnia, másrészt külföldi hírszerzésre használták, mivel „szakképzettsége és beosztása lehetőséget biztosít számára a rendszeres külföldi utazásokra, […] alkalmas arra, hogy utazásait felhasználják tudományos és kulturális adatok megszerzésére”. A kor viszonyait jól mutatja egy 1963-ban adott jelentésének egy részlete. Az Elektronikus Főosztályról többek között a következőt írta: „A hazai nukleáris műszergyártás előtt az a feladat áll, hogy betörni a nemzetközi piacra, aminek alapvető feltétele a világszínvonal elérése. Ennek érdekében rendelkezésükre álló kapcsolatokon keresztül embargós cikkeket hozatnak be, »szemrebbenés nélkül« 1=1-hez lekopírozzák s megkezdik sorozatgyártásukat. Ebben a vonatkozásban ügyelni kell és meggátolni annak lehetőségeit, hogy az intézetből kiszivárogjon.” Későbbi jelentéseiben részletesen ismertette többek között az ICT 1905 számítógép, az ország akkor legnagyobb teljesítményű számítógépe vásárlását megelőző tárgyalásokat és a szerződéskötés folyamatát. Bár „elsőrendűen tudományos hírszerzési feladatokat végzett”, az ő jelentéseiben is előfordultak személyi jellegű megjegyzések. Nemcsak azt kellett Appel György rendőr őrnaggyal megbeszélnie, hogy kik vehetnek részt a lézerkutatásban ‒ annak indulásakor ‒, hanem olykor munkatársai politikai beállítottságára, vallásos meggyőződésére, külföldi kapcsolataira vonatkozó jelentéseket is vártak és kaptak tőle.

A „Dömölky András” fedőnevű ügynököt, aki 1954 és 1961 között a KFKI-ban atomfizikával foglalkozott, részecskegyorsító berendezések építésében vett részt, majd a KKKI-ban a molekulaszerkezet és molekulaspektroszkópia területén dolgozott, egyértelműen azért foglalkoztatta a hírszerzés, hogy a külföldi szakmai útjai során megismert modern mérőműszerekről adjon tájékoztatást. Egyik útja kapcsán a következő feladatot kapta: „Kik az általa megismert érdekes személyek, melyek a figyelmet érdemlő témák és miért, milyen műszerekkel dolgoznak, ki szervizeli őket, s hol őrzik a gépkönyveket, stb.” Személyét kétséget kizáróan nem tudtam azonosítani, de az életrajzi adatok alapján erős a gyanú, hogy egyházi kapcsolatai miatt korábban maga is megfigyelés alatt állt, és ezzel zsarolhatták.

Az atombomba miatt a kezdetektől különösen foglalkoztatta a titkosszolgálatokat mindaz, aminek köze volt az atomfizikához, az atomenergiához. „Uránium” címmel külön dossziét vezettek a hazai atomkutatással kapcsolatos operatív anyagok dokumentálására. Az „Elektron”, „Pozitron”, „Foton”, illetve „Neutron” címet viselő dosszié tartalmazta az amerikai, angliai, francia, illetve német atomkutatással foglalkozó, különböző forrásokból begyűjtött anyagokat. Az Euratom szervezettel kapcsolatos információk pedig a „Rádium” dossziéba kerültek.

Az atomenergia békés felhasználásával foglalkozó, 1958-as II. genfi konferenciára kiutazó magyar küldöttség egyik tagját, Varga Károlyt, a Csepeli Vas- és Fémművek Izotóp Laboratóriumának vezetőjét bízták meg azzal, hogy a hálózat ügynökeként a konferencia alkalmából szerezzen információkat az atomenergia ipari felhasználásának területéről. A titkosszolgálatoknak az esemény iránti érdeklődését mutatja, hogy a Genfbe utazó magyar küldöttség titkára Meszler Tibor rendőr őrnagy volt ‒ Kovács Tibor álnéven.

Máskor is előfordult, hogy a BM egy hivatásos alkalmazottja is helyet kapott egy hivatalos delegációban. Amikor 1960-ban Náray Zsolt vezetésével négytagú küldöttség utazott Franciaországba, hogy nukleáris-műszaki együttműködésről tárgyaljon, és atomenergia-kutatással foglalkozó intézményeket látogasson meg, az Országos Atomenergia Bizottság delegáltjaként vett részt a csoportban Pozsonyi István rendőr százados, aki az állambiztonsági szolgálatoknál az ilyen jellegű jelentésekkel foglalkozott. Ő maga panaszkodott jelentésében, hogy félt a dekonspirációtól, a lelepleződéstől, mert a delegációt vezető „Balatoni”-n kívül a többiekről is tudta, hogy beszervezett ügynökök, „Jenő”, illetve „Lakatos” néven.

Az atom és mag mint bűvszavak okozhatták azt is, hogy a hatvanas évek végéig foglalkoztatták a „Tanár” fedőnevű informátort, akit a szolgálatok „az izotópok ipari alkalmazásának egyik legjobb magyar szakértője”-ként tartottak számon, pedig az ő jelentései szinte kizárólagosan az iparban használható nukleáris műszerek gyártásának a problémáiról szóltak.

Faragó Pétert, a KFKI egyik osztályvezetőjét, akinek a kartonjára ráírták, hogy „presszióból” vállalta a szolgálatot, 1949-től kezdve azzal zsarolták, hogy segített egy volt kollégájának az ország illegális elhagyásában, és maga is disszidálásra készült. Egy olyan papírt írattak vele alá, amely szerint „indiszkréció vagy dezinformálás esetén az Államvédelmi Hatóság érvényesíti a nála elfekvő ellenem irányuló jegyzőkönyvet, mely szerint Papp György disszidálásának bűnrészese voltam”. Saját maga az együttműködés jellegéről egy 1952 elején készült feljegyzésben így fogalmazott: „Munkámban azt éreztem feladatomnak, hogy szakmai kapcsolataim alapján szakismeretet igénylő kérdésekben adjak tájékoztatást.” A titkosszolgálatok viszont azt várták, hogy többek között Simonyi Károly tevékenységéről, esetleges külföldi kapcsolatai jellegéről, Jánossy Lajos magatartásáról és külföldi kapcsolatai céljáról jelentsen, illetve tartsa szemmel Kovács István, a KFKI igazgatója tevékenységét, miközben az ő otthoni telefonvonalát is lehallgatták. Jelentéseit a szolgálatok olykor hasznosnak ítélték, máskor negatív értékelést kapott: „Munkája nem volt eredményes, […] főképen, (sic!) mert nem akart dolgozni. Egész beállítottsága, származása, környezete, a népi demokráciával szemben álló személlyé tette.”

Ennek ellenére, miután 1957 elején egy hivatalos németországi útjáról nem jött haza, hanem Angliába távozott, ahova kerülő úton családját is sikerült kijuttatni, a titkosszolgálatok ‒ „Ádám” tippje nyomán ‒ újra fel akarták venni vele a kapcsolatot. Amikor a londoni követség első titkáraként bemutatkozó, az iratokban Bakos elvtársként emlegetett, jelentéseit is Bakosként aláíró személy az itthonról kapott utasítás nyomán felkereste, Faragó megmondta neki: „semmilyen körülmények között nem vagyok hajlandó ezt csinálni, […] az én Magyarországról történt eljövetelemnek nem politikai, nem gazdasági oka volt, hanem kizárólag és egyedül az, hogy maguktól megszabaduljak”. Erre „Bakos” ‒ előhúzva az egykori beszervezési papírt ‒ árulónak nevezte, és nyíltan megfenyegette, hogy tönkre fogják tenni, zaklatni fogják felesége itthon élő szüleit, ha nem vállalja az együttműködést. A találkozó után Faragó az angol hatóságok előtt lebuktatta a „követségi első titkárt” ‒ a valóságban a londoni rezidentúrán dolgozó Szikla Péter rendőr századost ‒, akit ezután kiutasítottak Angliából. Nem lehet kizárni, hogy többen, akik a hatvanas–hetvenes években hosszabb nyugati tanulmányútról nem tértek haza, azért tették ezt, mert így próbáltak meg kikerülni a titkosszolgálatok látóköréből.

A hírszerző munkára kiszemelt személyeket először a célszerűség, alkalmasság, megbízhatóság és beszervezhetőség szempontjai szerint szűrték. Gyakran már a környezettanulmány vagy az első beszélgetés után kiderült, hogy az illető valamilyen okból alkalmatlan a beszervezésére. Berényi Dénesről már a környezettanulmány során megállapították, hogy „vele a kapcsolatfelvétel célszerűtlen és azt meg sem kíséreljük, […] együttműködésre alkalmatlan személy, emberi tulajdonságai, politikai beállítottsága, valamint klerikális beállítottsága miatt”.

Máskor mégis megpróbálkoztak olyanokkal is, akikről egyértelműen tudták, hogy nem hívei a kommunista rendszernek, de hazafiságukra vagy a tudomány iránti elkötelezettségükre hivatkozva kérték tőlük, hogy adjanak tájékoztatást a munkájukhoz vagy munkahelyükhöz kapcsolódó eseményekről. Cornides Istvánt, az ELTE Kísérleti Fizikai Intézete adjunktusát, akit 1956-os szerepvállalása miatt ‒ ő volt az ELTE természettudományi karok forradalmi bizottságának az elnöke ‒ 1957 elején másfél hónapig vizsgálati fogságban tartottak, a szabadulása előtti napokban azzal próbálták beszervezni, hogy „közös erővel az a célunk, hogy a magyar tudomány fejlesztését előmozdítsuk”. Mivel Cornides nem borította rájuk az asztalt, hanem hosszan elbeszélgetett a belügyes tiszttel ‒ fogva tartása idején nem is nagyon tehetett mást ‒, a tisztben az a benyomás támadt, hogy Cornidest lehet majd ügynöki munkára használni, információkat lehet majd tőle kapni az ELTE-ről vagy a KFKI-ról. 1957 végén, miután az államvédelmi hatóság számára is világossá vált, hogy Cornides nem hajlandó az együttműködésre, dossziéját lezárták. Addigra persze már az is kiderült, hogy – bár bírósági ítélet nem született, az egyetemi fegyelmi bizottság is csak szóbeli megrovásban részesítette – Cornidest eltávolították az egyetemről.

Részben hasonló volt a már többször említett Györgyi Géza esete. 1956-os tevékenysége miatt 1957 tavaszán hálózati ellenőrzés alá vonták, és nyilvántartásba vették. 1958 őszén javaslat született őrizetbe vételére, mert „ellenséges ideológiát terjesztett és jelenleg hasonló ellenséges körben végez ellenséges munkát. Simonyi Károly és Németh László író irredenta ideológiáját terjesztő csoportban tevékenykedik munkatársaival együtt.” A BM és a KFKI egyik összekötőjeként tevékenykedő Csarnai Sándor rendőr százados azonban e helyett új javaslattal állt elő: „Györgyit kompromittáló adatok alapján kívánjuk beszervezni”, hogy „nyújtson segítséget konspiratív alapon az ellenséges személyek felderítésében, tevékenységük elkövetésének megakadályozásában”. A részletekbe menően kidolgozott beszervezési javaslatban a rendőrségi felügyelet alá helyezést, a munkahelyről való elbocsátást, a külföldi utazástól való eltiltást sorolták fel megtorlásként arra az esetre, ha nem működik együtt. A megfélemlítés részeként először a Fővárosi Katonai Kiegészítő Parancsnokság épületébe, majd a XII. kerületi rendőrkapitányságra hívatták be. Tudományos munkájával kapcsolatos rendkívüli elfoglaltságára hivatkozva próbált kibújni a neki állított csapdából. Hamarosan bekövetkezett, tragikusan súlyos betegsége mentette meg a titkosszolgálatok hálójából.

Egyébként az egyik ekkor keletkezett irat szerint Marx György beszervezésével is megpróbálkoztak 1957‒58 táján. Talán akkor, amikor 1957. március 15. előtt őt is begyűjtötték, ahonnan két hét után, a szájhagyomány szerint Jánossy Lajos közbenjárására engedték ki. Az irat szerint ő az első, látszólag beleegyező beszélgetés után két héttel megtagadta az együttműködést. Ez is szerepet játszhatott abban, hogy bár 1956-ban megszerezte a fizikai tudomány doktora fokozatot, csak 1961-ben nevezték ki egyetemi tanárnak.

Zawadowski Alfrédot 1969-ben kezdték el „tanulmányozni”, amikor egyéves vendégprofesszori meghívással Amerikába utazott. Hazatérte után ötletként felmerült, hogy a bécsi székhelyű Nemzetközi Atomenergia-ügynökséghez (IAEA) küldik ki hosszabb időre. Erre azonban, amint a KFKI-ban dolgozó, ezzel kapcsolatos felderítést végző hírszerző tiszt jelentésében olvasható, „mert pártonkívüli és szigorúan vett szakember, nem volt alkalmas”. Ennek a megállapításnak lehetett a következménye, hogy munkatársait, akik később utaztak ki rövidebb-hosszabb időre Nyugatra, a szolgálatok nem keresték meg beszervezési szándékkal. Őt magát azonban 1974-ben újra elővették, amikor a Rutgers Egyetem másfél évre meghívta vendégprofesszornak, mivel egy nem szakmai ismerőse tippként felhívta rá az állambiztonság figyelmét. Kiutazása előtt Pozsonyi Istvánnal, aki akkor már alezredes volt, kellett elbeszélgetnie, 1976-os hazaérkezése után pedig az „Angyal Endre” néven bemutatkozó Juhacsek Endre rendőr főhadnaggyal kellett háromszor is találkoznia. A téma mindig az útja eseményeiről készítendő útijelentés volt, illetve az éppen akkor itthon szervezett nemzetközi tudományos konferenciára érkező, izraeli útlevéllel rendelkező résztvevők belépővízumának az ügye. Az útijelentés volt az egyetlen jelentése, azt is saját nevével írta alá. Szigorúan csak a kinti munkájáról, az ott tartott előadásokról és az elméleti szilárdtestfizikával kapcsolatos szakmai kérdésekről szólt. Juhacsek Endre szerette volna folytatni a kapcsolatot, azt javasolta, hogy „Párdi”-t szervezzék be titkos munkatársnak, a titkosszolgálatok azonban azzal a megállapítással zárták le a vele való foglalkozást, hogy „témája az operatív szakmai vonalak szűkítése következtében részünkre érdektelenné vált”.

A BM-es tiszttel való találkozások azonban olyan mély lelki sebet ütöttek Zawadowskin, hogy amikor egy évtizeddel később, még a rendszerváltozás előtt, Juhacsek Endre megjelent a KFKI-ban mint az intézet új tudományos titkára, Zawadowski Alfréd jobbnak látta eltávozni onnan, indokként az intézet akkori vezetésével fennálló konfliktusaira hivatkozva. Így került rövid időre az ELTE-re, majd a Budapesti Műszaki Egyetemre (BME). A jóval később folytatott beszélgetésekben többször visszatért Juhacsek Endre személyére, de akkor is legfeljebb csak sejttette, hogy a KFKI-ból való távozásában neki is szerepe lehetett. A bennem akkor támadt gyanú most nyert megerősítést. Az özvegyétől kapott levél szerint Zawadowski Alfréd, miután az ÁBLT-től megkapta a róla szóló dosszié másolatát, ahhoz egy cédulán Juhacsek Endrével kapcsolatban a következő megjegyzést fűzte: „Miután a BM-től a KFKI-ba került, üldözőbe vett és nagy szerepe volt abban, hogy végül feladtam a KFKI-ban betöltött állásomat.”

A titkosszolgálatok élénken érdeklődtek a Nyugaton élő magyar származású fizikusok iránt is. Egyrészt adatokat gyűjtöttek róluk, másrészt hírszerzőként próbálták beszervezni őket. A „Kárász” fedőnevet kapott Teller Edével, akinek jelentős szerepe volt az atombomba, majd a hidrogénbomba kifejlesztésében, itthon élő édesanyján és leánytestvérén keresztül terveztek kapcsolatot felvenni az ötvenes évek elején. Kitelepített rokonait visszaengedték Budapestre, húgát megpróbálták pressziós alapon beszervezni, de nincs nyoma annak, hogy ennél tovább jutottak volna.

1951 óta figyelték Orowan Egonnak, a Massachusetts Institute of Technology (MIT) professzorának magyarországi rokonaival, testvérével és annak családjával folytatott levelezését. 1961-ben azzal zárták le a „Bárdos” fedőnévre nyitott dossziét, hogy „bár hírszerző lehetőséggel rendelkezik és olyan objektumban dolgozik, ami részünkre érdekes, ellenséges beállítottsága nem teszi lehetővé, hogy kapcsolatot építhessünk ki vele”.

A Kahán Tiborként Máramarosszigeten született, egyetemi tanulmányait Franciaországban végző és ott élő, kommunista meggyőződésű Théo Kahant 1949-ben haza szerették volna hívni a KFKI egyik vezetőjének. Egy rövid látogatásra hazajött, de azután magyar részről leállították a hazatérésével kapcsolatos egyeztetést. Egy később született dokumentum szerint ebben szerepe lehetett annak, hogy kémtevékenység gyanúja merült fel vele kapcsolatban. Ennek ellenére 1956 után „Mérges” fedőnévvel újra elővették az ügyét, azzal a céllal, hogy mégis hazacsábítsák. De azután ezt is leállították.

Az 1926 óta külföldön élő Kürti Miklós oxfordi professzorral 1960-ban kezdett foglalkozni a hírszerzés. Mivel úgy gondolták, hogy nem ellenséges beállítottságú Magyarországgal szemben, a londoni követségen dolgozó titkosszolgálati munkatárson keresztül próbálták meg kipuhatolni, hogy „képes-e arra, hogy a tudományos és műszaki hírszerzést érdeklő adatokat megszerezze számunkra és milyen hajlandósága van erre”. 1962 végén azzal szüntették meg a „Lehel”, majd „Hut” fedőnevet kapott Kürti Miklós tanulmányozását, hogy „Hut ‒ aki igen tekintélyes fizikus ‒ nem kíván a meglevőnél szorosabb kapcsolatot kialakítani velünk, s semmi reményünk arra, hogy ezt az álláspontját a közeljövőben megváltoztassa”.

A Nobel-díjas Gábor Dénest a szintén Angliában élő közgazdászprofesszor testvére miatt figyelték. Az ugyancsak Nobel-díjas Békésy György is érdekelte a titkosszolgálatokat. Az „Ocskay” néven nyitott dosszié szerint a hatvanas évek elején hazacsábítási céllal próbálták meg megkörnyékezni, nyilván eredménytelenül.

Bay Zoltán helyzete különleges volt. Róla még 1946-ból származó, az Egyesült Izzó-beli tevékenységéről szóló jelentés is fennmaradt. Az emigrálása után, 1949-ben született jelentésekben már úgy szerepel, mint aki „aktív magyarországellenes tevékenységet folytat, ami elsősorban magyar atomfizikusok kiszöktetésében jut kifejezésre”. 1956 után újra foglalkozni kezdtek vele, „Antal László” névvel még fedőnevet is kitaláltak neki. Tudták, hogy beszervezése nem reális, ezért célként a melléépülést jelölték meg. A környezetében lévő emberektől próbáltak információt gyűjteni róla. A dossziéban nincs nyoma annak, hogy bármit elértek volna.